रुड़की स्टेशन आतंकी संगठनों के निशाने पर है। कई बार जैश ए मोहम्मद के नाम से धमकी भरे पत्र लिखे गए हैं, लेकिन फिर भी रेलवे प्रशासन स्टेशन की सुरक्षा को लेकर गंभीर नहीं है। स्टेशन पर सुरक्षा की दृष्टि से लगाए गए उपकरण खराब हो चुके हैं। साथ ही, गेट पर भी अब चेकिंग नहीं होती है।पिछले साल भी रुड़की रेलवे स्टेशन को एक धमकी भरा पत्र मिला था, जिसमें रुड़की स्टेशन समेत कई जगह को बम से उड़ाने की धमकी दी गई थी। इससे पहले भी स्टेशन अधीक्षक के नाम पर कई धमकी भरे पत्र आ चुके हैं। हालांकि पुलिस आज तक इन पत्रों की सच्चाई नहीं जान पाई है। पिछले बार के धमकी भरे पत्र की जांच पंजाब में जाकर समाप्त हो गई। पुलिस यह भी नहीं बता सकी कि धमकी भरे पत्र के पीछे किसी की शरारत हैं या कोई बड़ी साजिश।