थॉमस ने आरोप लगाया कि, केंद्र सरकार ईडी का इस्तेमाल केरल की विकास योजनाओं को ठप करने और केआईआईएफबी को आर्थिक रूप से तबाह करने में कर रही है। वो अपने राजनीतिक विरोधियों को अलग-थलग करने, गिरफ्तार करने या हिरासत में लेने या विपक्ष शासित राज्य सरकारों को गिराने के लिए ईडी का इस्तेमाल करती है। 

दरअसल, केरल के पूर्व मंत्री इसाक को ईडी ने समन भेजा है। औऱ उन्होंने ईडी के समन के खिलाफ केरल हाईकोर्ट में याचिका दायर की है। उन्होंने कहा कि, हाईकोर्ट का फैसला आने तक ईडी के समक्ष पेश नहीं होंगे। बताते चलें कि, ईडी ने माकपा के नेता इसाक को नोटिस जारी किया है। उन्हें यह नोटिस केरल इंफ्रास्ट्रक्चर इन्वेस्टमेंट फंड बोर्ड के वित्तीय लेनदेन में उल्लंघन की जांच के सिलसिले में दिया गया है। उस समय थॉमस केरल की एलडीएफ सरकार में वित्त मंत्री थे।